Partnerzy:

Projekt badawczy/konstrukcyjny/oprogramowanie - Optymalizacja syntetycznej pamięci genetycznej za pomocą termometrów RNA

Termin realizacji: 30
Liczba osób realizujących: 3
Tematyka: Termometry RNA, Projektowanie nowych, funkcjonalnych systemów biologicznych,
Opis:

Opis przedsięwzięcia: Przedsięwzięcie ma na celu rozwój konstruktów genetycznych opracowanych w ramach projektu iGEM Poznań: Projektowanie nowych, funkcjonalnych systemów biologicznych działających w żywych komórkach, finansowanego w ramach programu „Generacja Przyszłości”. Pierwsza wersja system pozwalającego na wyposażenie żywych komórek bakterii Escherichia coli w pamięć opartą o rekombinację DNA została zaprezentowana podczas finałów międzynarodowego konkursu iGEM w Bostonie w listopadzie 2014 r. Działanie układu może jednak zostać poprawione dzięki zwiększeniu jego odporności na szum. Dotychczasowe wyniki potwierdzają, że efekt ten można osiągnąć używając dodatkowych sygnałów wejściowych oraz bramek logicznych do sterowania systemem. Odpowiednio zoptymalizowane termometry RNA pozwalają na uzyskanie wystarczająco wysokiego stosunku sygnału do szumu. Działanie układu zostanie przetestowane za pomocą pomiarów fluorescencji.

Wykonana praca: Zaprojektowany i zapisany w formie pliku GenBank konstrukt genetyczny został złożony mniejszych fragmentów DNA w plazmid (kolistą cząsteczkę DNA) metodą CPEC oraz wprowadzony do odpowiednio przygotowanych, elektrokompetentnych komórek E. coli metodą elektroporacji. Działanie systemu zostało następnie przetestowane poprzez hodowlę wybranych klonów w warunkach indukujących i neutralnych i porównanie ich fluorescencji w świetle UV. Szczelność nowej wersji systemu jest radykalnie wyższa w porównaniu z wersją bez zastosowania termometrów RNA. Dzięki zakupionemu wyposażeniu możliwa była izolacja próbek plazmidów o bardzo wysokiej jakości i weryfikacja działania systemu za pomocą sekwencjonowania metodą Sangera. Sekwencje  DNA zarówno zaindukowanych jak i niezaindukowanych klonów są poprawne. Przygotowano kultury bakterii w formie stocków glicerolowych przystosowanych do długotrwałego przechowywania w stanie zamrożenia. Działanie systemu i jego kognitywną interpretację zaprezentowano w formie posteru na 10. Poznańskim Forum Kognitywistycznym.

Projekt oraz wykonanie: sigmeo.pl