Partnerzy:

Koło Naukowe Bioinformatyki (KNBI)

Wydział:

Adres e-mail:

Wydział Informatyki

Przewodniczący:

wyślij wiadomość

Kaja Chmielewska

Opiekunowie:

dr hab. inż. Piotr Formanowicz, prof. PP Opiekun naukowy

Opis Koła Naukowego
Działalność rozpoczęliśmy jesienią 2012 roku, i od samego początku naszym celem był rozwój poznańskiej bioinformatyki w jej szerokim znaczeniu, zarówno od strony bio-, jak i inf-. Organizujemy wyjazdy na konferencje, warsztaty i wykłady dla wszystkich zainteresowanych, nie tylko bioinformatyków i nie tylko studentów PP – członkami koła są również studenci UAM. Choć tematyka wykładów jest bardzo różnorodna, od neuroinformatyki po obliczenia molekularne, w ciągu ostatnich dwóch lat w centrum naszych zainteresowań znalazła się biologia syntetyczna. Dzięki wsparciu Instytutu Informatyki PP oraz Instytutu Biologii Molekularnej i Biotechnologii UAM oraz finansowaniu MNiSW, po raz kolejny część członków koła wzięła udział w międzynarodowym konkursie biologii syntetycznej iGEM. Aktualnie Koło Naukowe Bioinformatyków poszerza swoje zainteresowania przez podział na trzy sekcje, są to: Biocybernetyka, Komputery DNA oraz Modelowanie Procesów Biologicznych, każda z tych grupa realizuje swój określony projekt. Jesteśmy otwarci, zatem jeśli masz ciekawy pomysł możesz dołączyć do wybranej Sekcji lub stworzyć własną.
Filtracja:    

Talk: "From tobacco smoke throught prothrombotic state to atherosclerosis – a systems
approach".

Abstract: Smoking is a one of the contributing risk factors for the development of cardiovascular
diseases (CVDs). Cigarette smoke secretes many particles playing an important
role in harmful processes, some of them are: nicotine, carbon monoxide (CO),
reactive oxygen (ROS) and others. These particles lead to endothelial dysfunction, inflammation
(in respo  czytaj więcej...

Talk: ”Modeling and analysis of endothelial damage using Petri nets.”


Abstract: Damage to the vascular endothelium, which is one of the major causes of
atherosclerotic plaque formation is a complex and dynamic process depending on many
factors. The impact of these factors is diverse and addicted to quantitative and qualitative
changes of other factors. Therefore, to fully understand the processes underlying
this phenomenon, they must be  czytaj więcej...

Poster: "Selected aspects of the participation of tobacco smoke in the development of atherosclerosis modeled and analyzed using Petri nets."

Abstract: Endothelial dysfunction is induced by a various factors, some of them are: high blood pressure, high glucose level (in diabetes), high low-density lipoprotein level (LDL) and smoking in the wider sense of the term. For a better understanding of
the influence of cigarette smoking on endothelial damage, stimulating inflamma  czytaj więcej...

Wykład wprowadzający do modelowania procesów biologicznych z wykrzystaniem Sieci Petriego. Głównym celem było zainteresowanie ewentualnych nowych członków i przybliżenie im na czym polega jeden z realizowanych przez nas projektów - modelowanie wpływu palenia na rozwój miażdżycy z wykorzystaniem właśnie Sieci Petriego. 
Wykład przeprowadzony dzięki uprzejmości dr inż. Marcina Radoma.

 czytaj więcej...

Podczas prezentacji omówiono wyniki pracy nad bakteryjną pamięcią genetyczną inspirowaną multiplekserem, prowadzonej w ramach projektu "IGEM Poznań: Projektowanie nowych, funckjonalnych systemów biologicznych działajacych w żywych komórkach". Omówiono metodę asemblacji fragmentów DNA metodą CPEC zastosowaną podczas badań oraz prace związane z usprawnieniej tej metody między innymi przez optymalizację starterów oligonukleotydowych.

 czytaj więcej...

Information processing subsystems are crucial for designing reliable and efficient synthetic biological devices. While growing demand for detection of low-level signals (e.g. traces of heavy metals or other contaminants) makes systems capable of signal amplification highly desirable, they may also be used to increase protein xpression after induction of a relatively weak promoter dependent on a commercially available nontoxic inducer, e.g. rhamnose. We have developed a synthetic bacterial mem  czytaj więcej...

Omówienie stworzonych konstuktów genetycznych, zawierający superfolder HIS GFP, ulegający ekspresji pod kontrolą czterech induktorów- arabinozy, melibiozy, ramnozy i ksylozy. 

Minimal, independently regulated promoters of different expression levels are important tools for synthetic biology to build complex but compact genetic systems. It is important for crystallographers to produce recombinant proteins of high purity and for pharmaceutical industry to make t  czytaj więcej...

Zaprojektowano i zapisano w formie pliku GenBank konstrukt genetyczny, który został złożony z mniejszych fragmentów DNA w plazmid (kolistą cząsteczkę DNA) metodą CPEC oraz wprowadzony do odpowiednio przygotowanych, elektrokompetentnych komórek E. coli metodą elektroporacji. Działanie systemu zostało następnie przetestowane poprzez hodowlę wybranych klonów w warunkach indukujących i neutralnych i porównanie ich fluorescencji w świetle UV. Szczelność nowej wer  czytaj więcej...

Opis przedsięwzięcia: Przedsięwzięcie ma na celu rozwój konstruktów genetycznych opracowanych w ramach projektu iGEM Poznań: Projektowanie nowych, funkcjonalnych systemów biologicznych działających w żywych komórkach, finansowanego w ramach programu „Generacja Przyszłości”. Pierwsza wersja system pozwalającego na wyposażenie żywych komórek bakterii Escherichia coli w pamięć opartą o rekombinację DNA została zaprezentowana podczas finałów m  czytaj więcej...

Warsztat - Warsztaty z programowania w języku C#  | data dodania: 21-01-2016 20:10

Cykliczne warsztaty z programowania w języku C#, prowadzone dzięki uprzejmości dr inż. Marcina Radoma

 czytaj więcej...

Obliczenia na cząsteczkach DNA są jednym z alternatywnych sposobów wykonywania obliczeń tak jak komputery kwantowe. Początkiem tej dziedziny była praca Adelmana z 1994r., w której zaproponował on rozwiązanie problemu Hamiltona za pomocą cząsteczek DNA. Kolejnym istotnym wydarzeniem dla tej dziedziny była praca z 2001 roku pod kierunkiem prof. Ehuda Shapiry opisująca molekularny komputer DNA będący przykładem molekularnej realizacji automatu skończonego. Ten sposób podejśc  czytaj więcej...

Makrofagi to bardzo heterogenna grupa komórek układu odpornościowego, których główna rola polaga na zwalczaniu infekcji wewnątrz tkanek. Oprócz charakterystycznych dla poszczególnych organów rodzajów makrofagów, wyróżnia się jeszcze ich dwa podstawowe fenotypy: M1 oraz M2. Każdy z nich ma inną rolę w zwaczaniu infekcji, posiadają alternatywne sposoby aktywacji oraz różną się pod kątem ekspresji białek. czytaj więcej...

Ten projekt obejmuje zaproponowanie modelu matematyczngo dla procesu biologicznego jakim jest wpływ palenia na rozwój miażdżycy tętnic. Zaprojektowanie modelu opierają się na matematycznej reprezentacji systemów rozproszonych jakimi są Sieci Petriego, umożliwiające symulację złożonych procesów biologicznych. Sieć Petriego, która jest w trakcie tworzenia składać się będzie z pięciu różnych sieci, które końcowo będą ze sobą skorelowane za pomocą miejsc  czytaj więcej...

Tagi
Biologia syntetycznaInformatykaBioinformatykaKomputery DNA/RNANeuroinformatyka
Projekt oraz wykonanie: sigmeo.pl